El PEOT tiene como misión promover el desarrollo integral de la actividad agrícola y energética de la Región Lambayeque, con el propósito de consolidar una zona agroindustrial de primer nivel en América Latina, orientada a satisfacer la demanda interna de energía y de los productos alimenticios básicos y generar excedentes de exportación con valor agregado.

Desarrollar estudios, ejecutar, supervisar y mantener obras de ingeniería orientadas al aprovechamiento integral de los recursos hídricos superficiales y subterráneos, con fines de generación de energía y de riego, garantizando estándares de eficiencia, eficacia y rentabilidad, dentro de un marco de permanente investigación, adaptación tecnológica y manejo ambiental, a fin de contribuir al desarrollo integral en el ámbito de su influencia.